En mai 1995, le Centre François-Charon (CFC) est désigné institut universitaire en réadaptation et intégration sociale en vertu de l’article 90 de la Loi sur la santé et les services sociaux.

Cette désignation s’étend ensuite à l’ensemble de l’IRDPQ en octobre 1997. Elle demeurera valide jusqu’en mai 2004.

En 1993, le CFC, en collaboration avec des chercheurs de la Faculté des sciences sociales de l’Université Laval, obtient une subvention du Conseil québécois de la recherche sociale (CQRS), devenu depuis le Fonds québécois de la recherche sur la société et la culture (FQRSC). Cette même année, le Fonds de la recherche en santé du Québec (FRSQ) subventionne une équipe prioritaire sur la problématique de l’adaptation-réadaptation des personnes ayant une déficience neurologique.

En 1994, on assiste à la création du Réseau provincial de recherche en adaptation-réadaptation (REPAR) reconnu par le FRSQ. Puis en 1995, à la demande du ministre Jean Rochon, un projet de développement d’un centre de recherche en adaptation-réadaptation et en intégration sociale est préparé par le Centre François-Charon et l’Université Laval. En 1996, l’équipe de recherche en réadaptation physique du Centre de recherche de l’Hôpital de l’Enfant-Jésus emménage dans les locaux du CFC, avec le soutien du Ministère de la Santé et des Services sociaux (MSSS) et le Fonds en réadaptation de l’Université Laval.

En concertation avec les responsables du MSSS, du FRSQ et du CQRS, le projet d’un centre de recherche interdisciplinaire en réadaptation et intégration sociale est discuté à maintes reprises par les instances de l’IRDPQ et de l’Université Laval.

En avril 1999, un appel d’offres est lancé par les premières instances (FRSQ/CQRS/MSSS) pour la création d’un centre de recherche à vocation mixte (santé et sociale), l’un à Montréal et l’autre à Québec.

En mars 2000, le CIRRIS et le Centre de recherche interdisciplinaire en réadaptation de Montréal (CRIR) sont reconnus. En juillet de la même année, un fonds majeur de la Fondation canadienne pour l’innovation (FCI) est obtenu pour développer une infrastructure technologique provinciale de recherche en adaptation-réadaptation et intégration sociale.

En 2005, le Conseil universitaire lui attribue le statut de centre reconnu par l'Université Laval.

En avril 2008, le CIRRIS a été renouvelé  avec la cote "exceptionnelle" par le Fonds de recherche en santé du Québec (FRSQ). Le comité jugeait que le CIRRIS se classait "parmi les meilleurs centres du Québec compte tenu de sa taille et de ses particularités".